陆相官邸，安藤大尉等叛乱军人也在紧急商议下一步行动。这次事变，叛军指挥者实际上受了日本法西斯理论家北一辉《日本改造法案大纲》思想的影响，如今事变已起，叛军自然会想到这位狂人，当下与北一辉进行了电话联系。之后，决定以皇道派成员、原教育总监真崎甚三郎作为实施昭和维新的“正义军”首领，由他制定全部活动方针。但是，真崎显然不是他们的理想中人。见事情闹大了，真崎突然改变了态度，在陆相官邸作了20来分钟的说教后表示：“各位如果继续坚持下去，势必成为皇军的罪人，我劝你们还是归顺吧！”
说完这番出乎意料的话后，真崎怕沾上腥似地急忙离去。
接二连三遭抛弃，反叛的少壮军官们处于进退维谷的境地。他们在占踞的山王饭店和幸乐餐馆上高高悬起了盲目信赖天皇的所谓“尊皇讨好”的旗子，岂知就是天皇本人视他们为凶暴的叛徒并命令严加镇压，这真是莫大的讽刺！后来，一个被处死的叛乱军官，曾在遗书中写下这样的话：“我无比仇恨天皇背弃我们的忠实的行为。”
就在叛军一筹莫展之际，奉天皇大命实施讨伐的队伍，陆续从佐仓、甲府、宇都宫和高崎等地开进东京。28日夜间，集结在赤坂的叛乱部队，已经处于坦克部队的全面包围之中。24000名步兵部队也作好了战斗准备，预定于29日上午9时发动攻击，赤坂附近的居民已受命撤离。
内外交困，使叛军有些军官开始动摇了。但是，“神一般的中队长”安藤大尉坚持进行抵抗，使产生归降念头的人又缩了回去。三宅板、山王一带，叛军部署了第一道抵抗防线。
29日晨，航空大厦的屋顶升起了“不要顽抗到底！”的标语，坦克部队也开始行动，逐渐缩小了包围圈，这时叛军已成瓮中之鳖。
当坦克的履带声，鸣响在安藤大尉等人踞守的山王饭店附近时，安藤命令30余名士兵冲向电车道，一齐伏卧在坦克群的前面。
“反击坦克是不会有什么作用的，我们干脆就让它们从身上压过去，让我们以死来表示抗议。”安藤望着伏卧着的士兵，坚定地说。
坦克在安藤等人跟前停下来了，只是撒了撒传单就撤走了。这时安藤的顶头上司、步兵第3联队所属大队长伊集院少佐跑过来，泣不成声地对安藤说：“安藤君，你再听我说一遍，停止无谓的抵抗，用自尽表示效忠吧！士兵实在可怜，命令他们回去吧！”ァ拔揖霾唤邮苷庋的命令，没有理由因为怕包围和威吓而表示屈服。我们的方法错了，原以为打倒重臣、阁员就能实行昭和维新，事实上，应该在这之前先打倒内阁。娘的，让我自尽，见鬼去吧！”グ蔡倜嫒缤辽，但态度坚决地吼道。
安藤的怒吼，清楚地表明这场震憾日本全国的大事变所必然发生的真相。长期以来，陆军中的皇道派和统制派，互相对立，明争暗斗终于表面化。军阀相互间的内讧，使皇道派终为统制派所降服。
皇道派是一种超现实的天皇亲政论者，他们热衷于形而上学的改革。与此相反，统制派则是合理主义者的集合体，反对发动政变，主张在维持军事统制的前提下，实行合法的国家改造，所以也被日本人称为政策派。统制派敌视皇道派，皇道派又以实力回击统制派。1925年8月，皇道派的相泽中佐，光天化日之下在陆军省内暗杀永田军务局长就充分说明了这一点。永田铁山被称为日本陆军中有名的秀才，又是统制派的巨头，所以被皇道派视为眼中钉。但是皇道派杀害永田，并不能为政变打开通道，今日“二？二六”事件的挫折再一次证明了这个事实。
飞机又一次在被包围的叛乱部队上空盘旋，抛撒传单，大喇叭里也在不断地发出号召投降的喊话。
“戒严司令部29日上午8时55分发表告士兵书，内云：敕命已颁，天皇陛下已有诏敕，你们真心诚意服从长官指挥，坚决执行命令这是对的。但是现在天皇直接命令你们回到原来部队，如果坚持抵抗下去，势必成为违抗敕命、罪不容诛的国贼。你们曾相信自己是正确的，然而，如今已知误入歧途，就不该因为事情已到如此地步，或者强调情义而继续顽抗。决不能留下叛逆天皇成为国贼的罪名，现在回头还为时不晚，要立即停止抵抗，重返皇军中来。如能这样，以前的罪过将会得到宽恕，这不仅是你们的父兄也是全体国民的衷心期望。务望从速放弃现在的阵地，回到原来岗位！戒严司令官香椎中将。”
这篇告士兵书是由nhk爱岩山广播电台著名广播员中术广播的，他那充满哽咽的语调，不但使平叛官兵为之深受感动，叛军士兵更是为之落泪。
事变最终平息了，整个过程，没有动用一枪一弹。官兵们一个个开始归顺，除了最强硬派的安藤大尉在山王饭店自杀未遂外，其余全部投降。
下士官以下人员仍回原部队，军官们被收容到宪兵队，这时，他们还寄希望于军部，寄希望于日益强大的军人法西斯势力。他们默默地期待着以后在法庭上的斗争。
然而，他们的期望只是一场梦，特设的军法会议是按紧急敕命召开的。从4月末开始，只进行了一审，而且既没有辩护人，又不公开审判，他们没有被给予发言的机会。
这场