木叶边境的海域内，漂泊着六艘巨大的航空母舰，这些航空母舰奇形怪状雕镂着各种人脸，静静的停息在这片海域之上，而母舰上一群空之忍者整装待命着。
距离海域不远的密林中，率先出动的迎击四人小队卡卡西、佐井、志乃在智囊鹿丸的指挥下紧锣密鼓地进行反击，虽然人数面对数千上万的空忍实在是螳臂当车，但在鹿丸的谋划下木叶的这点不足反而被充分避过，而四人小队成员的优势却被大大的发挥。
首先便是第七班新出场的佐井出战，利用空忍的轻视，吸引敌人注意力的同时歼灭空忍派出的几只先遣部队，之后鹿丸用影子束缚术干掉临近海岸的空忍，正当航空母舰上的空忍补给完毕准备再次空袭木叶村时，航空母舰却是纷纷坍陷并爆炸，原来志乃cao控着虫子趁着空忍注意力被鹿丸等人吸引的间隙，吞噬了航空母舰的动力系统从而引起母舰爆炸损毁，而因为事发突然，空忍来不及逃命便被全歼...
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而另一边木叶村外，一片热带雨林之中，三条树干做成的小舟载着昨日结成小队的叶清、小月、小樱，雏田、鸣人以及鸣人在空忍来袭当天遇到的神农、雨硫“师徒”共七人，由于比原著中多了叶清和小月，是以小月便和雏田小樱划一条，而叶清很不幸的跟鸣人和充作向导的雨硫在一条小舟上，而白胡子带着深紫色头巾的神农则单独划着一条小舟缓缓地行驶在亚驴逊河上，向着木叶边境方向潜进。
一路上由于鸣人的尿性，在小舟上如同原著般和雨硫激烈的辩争，而同在一条舟上的叶清拦都拦不住，便懒得再搭理这两个家伙，斜斜的躺在舢板上，叶清将目光投向划在最前面的神农身上，“这家伙才是整个【羁绊】剧情里最终的boss好吧，看着慈眉善目一副救死扶伤的医生模样，还真让人想不到其真面目。话说原著里这家伙自称是为了啥暗黑ckl激活狗屁零尾，从而达到毁灭木叶报仇的目的——真特么的费劲，有那航天母舰以及会飞的城堡的技术还搞不死明显技术落一个文明的木叶？真为这家伙的智商捉急。不过话说回来，这老头马上就要‘死’了吧，呵呵，为了不那么浪费篇章，哥就让你彻底的死掉吧！”，叶清暗自忖道。
忽然，前方的神农停下动作，挥手示意大家伙有情况，而雏田早在神农发现异常前打开白眼观测四周后说道：“上空500米处有一个散发ckl的飞行风筝，和袭击木叶的东西一模一样！”，“纳尼！这可不太妙，大家赶紧划到树荫下去！”，此时的神农尚未暴露，装的挺像那么一回事。
“哗啦”，河流上的三只小舟各自藏到了树荫下，由于叶清在上船之前特意将小舟贴着河岸线，所以很容易的便把小舟带进树荫里，倒是抹杀掉了鸣人的一场艳’遇，不一会，叶清清楚的感知到上空一只鸟人盘旋在上空，良久才掉头似乎是并没有发现异常，但叶清知道其实他们的行踪早就暴露，只不过神农为了他的诡计从而隐忍不发。好吧，就让你忍个够，哥待会就给你个痛快的！
很快，船到了尽头，神农急于表现其内心的“真善美”，cao着一把柴刀就一马当先的走在荆棘丛生的热带雨林中，为身后众人砍出一条小路。叶清倒是无所谓的耸耸肩悠哉游哉的跟在神农身后，偶尔在神农太辛苦的时候上前“扶”了神农一把，一个紫黑色的空间术式悄无声音的出现在神农身上继而隐去，原本只是叶清图省事方便宰了神农的举动，倒是让不知情的神农夸赞不已，说木叶忍者果然颇有侠义之风，这让叶清老脸一红，心说如果你个老东西知道事实真相恐怕就要破口大骂了吧！
不一会，几人穿过丛丛的雨林，来到雨硫的村子前，却赫然发现村子似乎刚被袭击，房屋四处蔓着战火，硝烟滚滚，这让一向爱护村子为己任的雨硫大吃一惊，她不顾被大火吞没的危险急匆匆的跑进一处正熊熊大火的楼台，想找到一些幸存的村民但她失败了，毕竟演戏就演全套，小月小樱鸣人雏田四人见状也是四下里寻找幸存者，而叶清则是远远地冷眼旁观着这一切阳谋的缔造者-神农的动作。
果然茫茫大火中，心急的雨硫不小心绊倒了一处机关，“嗖嗖”“嗖嗖”，数百枚苦无射向毫无防备的雨硫，“雨硫，小心！”，慈眉长者模样的神农刷的出现，将吓呆的雨硫推开，而他自己则是被飞来的十几枚苦无击中。
“啊——神农老....老师！！”，从苦无下逃出生天的雨硫看到浑身上下插着苦无的神农，不由得尖叫一声，爬过去抱住神农。神农装模作样的痛苦万分一番，才在雨硫千呼万唤中睁开弥留的眼睛，看着眼前的雨硫道：“没想到呢，我会为了救你而拼上老命。”“为...为什么...”“因为...你是我的...得意门生啊”，神农假模假样的咳嗽几声吐出几口鲜血，在雨硫感动哭泣的目光中缓缓地解下自己的头巾放到雨硫手中道：“接下来就交给你了...和大家齐心协力...找到遗迹并把村民们救出来.....”，接着又是一阵shen吟，神农的脸上浮现出死人的灰，很快在闻讯赶过来的小樱抢救下死掉了...
偌大的村子，除了熊熊的火焰燃烧木头的噼里啪啦声响，就只剩下雨硫嚎啕大哭