杨嗣昌辞官为父守丧，又逢继母病故，长期在老家武陵丁忧，但皇帝没有忘记他，下诏起复接任死去的张凤翼为兵部尚书，杨嗣昌三次上疏恳辞不许，于今年三月抵达京师，皇帝视其为能臣，几次召对几乎言听计从，激动之时拍案感慨“恨用卿晚”。蒙圣恩眷顾，杨嗣昌感激涕零，提出朝廷摆脱内忧外患的三大策——“先安内而后攘外，先足食而后足兵，先保民而后荡寇”，一年前兵科都给事中颜继祖也提出过类似的看法，但过于空洞不着边际，而杨嗣昌则拿出具体实施方案。
关于攘外必先安内，杨嗣昌认为天下大势犹如人身，京师是头脑，宣大蓟辽是肩臂，黄河以南长江以北的中原之地是腹心，边境烽火出现于肩臂之外，乘之甚急，流寇祸乱于腹心之内，中之甚深，急者固然不可缓图，而深者更不容忽视，正因为攘外至急，才不得不先安内，与东虏和议虽辱，但迫于剿寇势在必行。
关于先足食而后足兵，杨嗣昌直言不讳指出，流寇近年发展迅猛，实力已在官军之上，比如，官军的构成步七马三，而流寇竟然是马七步三，往来如风追之不及，并且流民相随者甚众，官军兵力不足难有胜算，所以每年须筹“剿饷”二百八十万两以增兵十二万，而“剿饷”来源有四：一曰均输，每亩田派米六合，每米一石折银八钱，每年可征银一百九十万两；一曰溢地，万历朝张居正清丈出的新增土地没有加派辽饷，此次一并加派，估计可得银四十万两；一曰寄学监生事例，即出卖国子监诸生名额，这笔钱不好估算；一曰驿递，即从裁减驿站节省的开支中每年拨出二十万两，如此方能足食足兵。
关于先保民而后荡寇，杨嗣昌针对流寇漂浮不定、机动灵活的特点，制定了“四正六隅十面张网”的剿贼计划，以陕西、河南、湖广、凤阳为四正，这四处巡抚以剿为主以防为辅，延绥、山西、山东、应天、江西、四川为六隅，这六处巡抚以防为主以剿为辅，而总督、总理随敌剿杀，各巡抚四面合围，无论贼在何处，都可张网以待一举剿灭。西北五省总督洪承畴知兵善战，又有剿灭巨寇高迎祥的孙传庭相助，自然能够胜任，但接任卢象升总理东南五省军务的王家祯太弱，难与洪承畴形成配合，可以选两广总督熊文灿接任，郑芝龙、刘香两大海贼或被其招安、或被其剿灭，应该不孚众望。杨嗣昌还建议在流贼行动不便的冬季展开全面清剿，争取今冬明春大功告成，如此“剿饷”只征一年，可减轻百姓负担。
杨嗣昌所言有理有据、切中要害，而形势也急转直下，今年四月，自毛文龙起经营了近二十年的皮岛陷落，东江镇总兵沈世魁败走石城岛，副总兵金日观阵亡，辽东局面已无法扭转，与此同时流贼也越加猖獗，张献忠在江北、李自成在川陕如入无人之境，大肆掳掠地方，腹心之痛更为深切。皇帝内心赞同杨嗣昌的主张，但与东虏和议、征“剿饷”两件事太敏感，没有内阁的支持，他还不敢决定，正在犹豫之际，卢象升、刘之纶相互攻击的两道奏疏先后到了，皇帝看罢不由得摇头，卢象升太狂妄，归化总兵浑身长刺，连清流也畏惧三分，他还唯恐天下不乱制造事端，杨嗣昌也对卢象升极为不满，建议皇帝向内阁摊牌，孰轻孰重须早做决断。于是皇帝移驾左中门召阁臣奏对，除首辅温体仁回避在家，其他四位阁臣张至发、孔贞运、贺逢圣、黄士俊一并到齐，当然也少不了能臣杨嗣昌，皇帝心中早已把他列入内阁。
内阁会议非常沉闷，杨嗣昌神情激昂、口若悬河，向阁臣大肆推销他的“三大策”，不过阁臣都是官场的老油条，不会跟着他趟浑水，三缄其口绝不表态。皇帝不耐烦了，眼睛盯住张至发不放，此人与文震孟同时入阁，比其他几位阁臣资格老，温体仁不在，他就是领班阁臣。
张至发没有野心，能进内阁混一圈就心满意足，夹在皇帝和群臣之间的日子不好过，向来言行谨慎绝不得罪人，文震孟持才自傲入阁一个月就被赶走，他却一干就是三年，让这种人开口表态是很难的，憋了半天才小心翼翼说道：“老臣以为杨大人所言增兵、剿贼极是，但征收‘剿饷’却不妥，崇祯三年征辽饷六百八十万两，民怨沸腾群起而附贼，以致天下大乱，再加征‘剿饷’恐百姓无力承受铤而走险，如此大祸将至矣！”
“老大人，学生以为我大明田赋三十取其一绝不为高，加征辽饷亩田一分二厘，剿饷也不过亩田派米六合，百姓虽苦但应该能够承受，如依学生之计，剿贼三个月即可大获成功，届时剿饷便可罢黜。”杨嗣昌急忙辩解道。
“杨大人官宦出身，大概不知民之疾苦吧，如你所言田赋、加派并不重，百姓守着自家田土即可度日，又何须背井离乡自讨苦吃？你口出狂