其二的目标则是厦门岛。厦门岛距离金门岛18海里，与安平正好在金门岛的一东一西。如果说安平是郑家的老巢的话，那么厦门岛就是郑家经营商业活动的大商站。无数的商品和财富都囤积在此地周转。后来郑家兄弟们纷纷在岛上修葺起豪华的宅邸，移居此地。清将马得功偷袭厦门得手，据说从厦门一次掠去白银九十万两，粮食十万石。考虑到马得功在厦门立足未稳就逃走，并未进行彻底的搜刮，加上他势必还还自己吞没了一部分，郑家在厦门岛的积存到底有多少，恐怕郑芝龙自己都未必清楚。
“下面宣布战役时间表。”
日为d日，d-3日，舰队出航，集结于澎湖，在澎湖马公岛设立前进基地。囤积粮食、食水。d-2日，由特侦队批登6安平、大金门岛和厦门岛，在预定海滩设立引导点。d-1日凌晨，前往金门岛。
金门岛距离澎湖大约8o海里。蒸汽船以8节的度大概需要十个小时。由于要迁就大多数帆船，舰队的平均航只能保持在3～4节，全程航渡需要25个小时以上。所以定在凌晨四点。这样舰队将在d日的早晨抵达趁涨潮突入料罗湾。
“根据特侦队和侦察船的汇报的消息，郑芝龙船队一部分停泊在料罗湾，一部分停泊在鼓浪屿。还有一些停泊在安平。”东门吹雨指点着沙盘上的船只模型。
停泊在料罗湾的是郑家的“舰队”，船只较大，其中还有若干艘欧洲类型的船只，大多装备有熊文灿从广东调拨来的红夷大炮。料罗湾虽然面朝外海，风浪较大，但是滩陡水深均为沙质滩，是吃水深的大型船只的理想锚地。同时也便于拦截企图进攻厦门湾和围头湾的敌方舰队。
在安平和鼓浪屿就以普通的贸易船为主，不过这部分船只中有相当部分也有武装，特别是在鼓浪屿附近，郑芝龙还有一部分纵火船――显然敌人很清楚纵火船只能在狭窄海域使用才能挥最大作用。
按照计划，舰队将先袭击停泊在料罗湾内的全部船只，随后各舰将集中火力轰击金门，摧毁金门岛的防御，海兵队登6实施攻击－占领－摧毁行动。
金门岛上郑家设有若干堡寨，有数千人守卫。还设有多个炮台。不过比起在当初海军突破的虎门－珠江防御来说，金门岛的防御差得很远。郑家对金门岛的防御基本还是依托海上舰队，而非6地炮台。
占领大小金门岛之后，在金门岛上展开指挥所和换乘站。分别对厦门岛和安平实施进攻。计划将携带大量的大、中和小艇，在海湾内航渡登6部队，克服第一舰队大船多，吃水深，登6作战不便的不利之处。